Ο κύριος στόχος του έργου Mo.Na είναι να συμβάλει στη διατήρηση,  στην αποτίμηση της φυσικής και πολιτισμικής κληρονομιάς και στην ενίσχυση της δυνατότητας των τοπικών φορέων να αναπτύξουν στρατηγικές που βασίζονται στην ενίσχυση του οικοσυστήματος. Το Mo.Na αποσκοπεί στην ανάπτυξη ενός δικτύου αρμόδιων φορέων από τη Μεσόγειο και τα Βαλκάνια που θα αναλάβει πρωτοβουλίες όπως οι εξής:

• Να προωθήσει την ανάγκη της ολοκληρωμένης διαχείρισηςπεριοχών με ιδιαίτερο πολιτισμικό και περιβαλλοντικό ενδιαφέρον (προστατευόμενες απότην UNESCO και από την Natura 2000 κλπ.).
• Να ορίσει τις αναγκαίες  πολιτικές και τα εργαλεία προκειμένου να αναχαιτιστεί η αλλοίωση του τοπίου και να παρέχει κοινή προστασία με βάση περιβαλλοντικά και πολιτιστικά κριτήρια.
• Να εξετάσει τις μελέτες περιπτώσεων στις τέσσερις περιοχές παρέμβασης (Βουθρωτό στην Αλβανία, Μεσημβρία στη Βουλγαρία, Καλντέρα της Σαντορίνης στην Ελλάδα και Δάσος  Πάφου στην Κύπρο), που επηρεάζονται από  την κλιματική αλλαγή ή από ενδογενείς και ποικίλους εξωγενείς παράγοντες και να προωθήσει καλές πρακτικές, κεφαλαιοποίηση των αποτελεσμάτων κλπ.
• Να διαχειριστεί με κοινό τρόπο  το χερσαίο περιβάλλον και τις υδάτινες ζώνες μέσω της μελέτης των προστατευόμενων περιοχών (χαρτογράφηση) .
• Να προστατεύσει τα απειλούμενα είδη.
• Να βοηθήσει τις τοπικές κοινωνίες να αντιληφθούν ότι μπορούν να συμβάλουν στην περιφερειακή και κοινοτική ανάπτυξη.
• Να ενημερώσει και να ευαισθητοποιήσει με εύστοχο τρόπο τις τοπικές, εθνικές και διεθνείς κοινωνίες που  απευθύνονται σε διαφορετικούς αποδέκτες .
• Να ενισχύσει τη σχέση αρχαιολογικού, πολιτισμικού και περιβαλλοντικού τουρισμού.
• Να αναπτύξει ένα νέο διαχειριστικό μοντέλο και ένα κοινό εργαλείο για την προώθηση και προστασία των πολιτιστικών και φυσικών πόρων, με τίτλο «Πιστοποίηση για την προώθηση και προστασία του φυσικού και πολιτιστικού περιβάλλοντος», το οποίο θα είναι ένα από τα κύρια «αποτελέσματα» του έργου.